Gereja Protestan di Indonesia (disingkat GPI) lahir di Ambon, Maluku pada tahun 1605, dengan nama De Protestantsche Kerk in Nederlandsch-Indie, atau lebih dikenal dengan Indische Kerk. Tetapi pada tahun 1619 kantor pusatnya dipindahkan ke Batavia seturut dengan berpindahnya kedudukan Gubernur Jenderal ke Batavia. Gereja Protestan ini mewarisi jemaat-jemaat yang ditinggalkan oleh misi Portugis dan dikemudian hari karena pekerjaan misi maka pelayanannya semakin meluas. Wilayahnya meliputi beberapa daerah antara lain: Maluku, Minahasa, Kepulauan Sunda Kecil (sekarang: Nusa Tenggara Timur, termasuk Pulau Sumbawa), Jawa, Sumatra, dll.